A. Các đơn vị trong cơ cấu tổ chức Công ty mẹ
1. Công ty Kho vận và cảng Cẩm Phả-Vinacomin
2. Công ty Kho vận Đá Bạc-Vinacomin
3. Công ty Tuyển than Hòn Gai-Vinacomin
4. Công ty Tuyển than Cửa Ông-TKV
5. Công ty Xây lắp mỏ
6. Công ty Tư vấn Quản lý dự án-Vinacomin
7. Trung tâm cấp cứu mỏ-Vinacomin
8. Trường Quản trị kinh doanh-Vinacomin
9. Khách sạn Heritage Hạ Long-Vinacomin
10. Ban QLDA Nhà máy tuyển than Khe Chàm-Vinacomin
11. Ban QLDA tổ hợp Bauxit-Nhôm Lâm Đồng
12. Ban Quản lý dự án Nhà máy Alumina Nhân Cơ-Vinacomin
13. Ban Quản lý dự án Nhà điều hành Vinacomin
14. Văn phòng đại diện tại Campuchia
15. Trung tâm điều hành sản xuất tại Quảng Ninh
16. Công ty than Mạo Khê-TKV
17. Công ty than Nam Mẫu-TKV
18. Công ty than Quang Hanh-TKV
19. Công ty than Thống Nhất-TKV
20. Công ty than Khe Chàm - TKV
21. Công ty than Dương Huy - TKV
22. Công ty than Hạ Long-TKV
23. Công ty than Hòn Gai-TKV
24. Công ty Chế biến than Quảng Ninh-TKV
25. Công ty than Uông Bí - TKV
26. Công ty Nhôm Đăk Nông TKV
B. Các đơn vị sự nghiệp có thu, hạch toán độc lập
1. Trường Cao đẳng Than-Khoáng sản Việt Nam
2. Viện Khoa học công nghệ mỏ-Vinacomin
3. Viện Cơ khí năng lượng và mỏ-Vinacomin
4. Bệnh viện Than-Khoáng sản
5. Tạp chí Than-Khoáng sản Việt Nam
C. Các công ty con TNHH MTV
1. Tổng công ty Công nghiệp Hóa chất mỏ - Vinacomin
2. Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải - TKV
3. Công ty TNHH MTV Môi trường - TKV
4. Công ty TNHH MTV Nhôm Lâm Đồng - TKV
D. Các công ty con cổ phần
1. Công ty CP Than Tây Nam Đá Mài - Vinacomin
2. Công ty CP Than Núi Béo - Vinacomin
3. Công ty CP Than Cọc Sáu - Vinacomin
4. Công ty CP Than Đèo Nai - Vinacomin
5. Công ty CP Than Cao Sơn - Vinacomin
6. Công ty CP Than Hà Tu - Vinacomin
7. Công ty CP Than Hà Lầm - Vinacomin
8. Công ty CP Than Mông Dương - Vinacomin
9. Công ty CP Than Vàng Danh - Vinacomin
10. Công ty CP Chế tạo máy - Vinacomin
11. Công ty CP Công nghiệp ô tô - Vinacomin
12. Công ty CP Cơ điện Uông Bí - Vinacomin
13. Công ty CP Cơ khí Mạo Khê - Vinacomin
14. Công ty CP kinh doanh Than Miền Bắc - Vinacomin
15. Công ty CP Than Miền Nam - Vinacomin
16. Công ty CP Kinh doanh Than Cẩm Phả - Vinacomin
17. Công ty CP XNK Than - Vinacomin
18. Công ty CP Vận tải và đưa đón thợ mỏ - Vinacomin
19. Công ty CP Tin học, công nghệ, môi trường - Vinacomin
20. Công ty CP Tư vấn đầu tư mỏ và công nghiệp - Vinacomin
21. Công ty CP Giám định - Vinacomin
22. Công ty CP Địa chất và Khoáng sản - Vinacomin
23. Công ty CP Cromit Cổ Định - Thanh Hoá - TKV
24. Công ty CP Đồng Tả Phời - Vinacomin
25. Công ty CP Sắt Thạch Khê - Vinacomin
26. Công ty CP Vật tư - TKV
27. Tổng công ty Khoáng sản TKV - CTCP
28. Tổng công ty CN Mỏ Việt Bắc TKV - CTCP
29. Công ty CP Địa chất mỏ - TKV
30. Tổng công ty Điện lực TKV - CTCP
31. Công ty CP Địa chất Việt Bắc - TKV
E. Các công ty con ở nước ngoài
1. Công ty TNHH Vinacomin - Lào
2. Công ty Liên doanh alumina Campuchia - Việt Nam
G. Các công ty liên kết của TKV (TKV nắm dưới 50% vốn điều lệ)
1. Công ty CP Sản xuất thương mại Than Uông Bí (24%)
2. Công ty CP Cơ khí ô tô Uông Bí (20%)
3. Công ty CP Du lịch và Thương mại - Vinacomin (36%)
4. Công ty CP Thiết bị điện Cẩm Phả (15,61%)
5. Công ty CP Cơ khí Hòn Gai - Vinaconin (26%)
6. Công ty Cơ khí mỏ và đóng tàu - TKV (34%)
7. Công ty CP Xây lắp - môi trường - TKV (30%)
8. Công ty CP than miền Trung - Vinacomin (27,25%)
9. Công ty CP Đầu tư thương mại và Dịch vụ - Vinacomin (36%)
10. Công ty CP Đóng tàu Sông Ninh - TKV
11. Công ty CP Đại lý hàng hải