A. Các đơn vị trong cơ cấu tổ chức Công ty mẹ
1. Công ty Kho vận và cảng Cẩm Phả-Vinacomin
2. Công ty Kho vận Đá Bạc-Vinacomin
3. Công ty Tuyển than Hòn Gai-Vinacomin
4. Công ty Tuyển than Cửa Ông-TKV
5. Ban QLDA chuyên ngành mỏ than - TKV
6. Trung tâm cấp cứu mỏ-Vinacomin
7. Trường Quản trị kinh doanh-Vinacomin
8. Khách sạn Heritage Hạ Long-Vinacomin
9. Ban QLDA Nhà máy tuyển than Khe Chàm-Vinacomin
10. Ban QLDA tổ hợp Bauxit-Nhôm Lâm Đồng
11. Ban Quản lý dự án Nhà máy Alumina Nhân Cơ-Vinacomin
12. Công ty Nhôm Đắk Nông - TKV
13. Ban QLDA Nhà điều hành Vinacomin
14.Ban Quản lý các dự án than đồng bằng sông Hồng - Vinacomin
15.Văn phòng đại diện tại Campuchia
16. Trung tâm điều hành sản xuất tại Quảng Ninh
17. Công ty than Mạo Khê-TKV
18. Công ty than Nam Mẫu-TKV
19. Công ty than Quang Hanh-TKV
20. Công ty than Thống Nhất-TKV
21. Công ty than Khe Chàm - TKV
22. Công ty than Dương Huy - TKV
23. Công ty than Hạ Long-TKV
24. Công ty than Hòn Gai-TKV
25. Công ty than Uông Bí - TKV
26. Công ty Chế biến than Quảng Ninh - TKV
27. Công ty Xây lắp mỏ - TKV
B. Các đơn vị sự nghiệp có thu, hạch toán độc lập
1. Trường Cao đẳng Than-Khoáng sản Việt Nam
2. Viện Khoa học công nghệ mỏ-Vinacomin
3. Viện Cơ khí năng lượng và mỏ-Vinacomin
4. Bệnh viện Than-Khoáng sản
C. Các công ty con TNHH MTV
1. Tổng công ty Công nghiệp Hóa chất mỏ - Vinacomin
2. Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải - TKV
3. Công ty TNHH MTV Môi trường - TKV
4. Công ty TNHH MTV Nhôm Lâm Đồng - TKV
D. Các công ty con cổ phần
1. Công ty CP Than Tây Nam Đá Mài - Vinacomin
2. Công ty CP Than Núi Béo - Vinacomin
3. Công ty CP Than Cọc Sáu - Vinacomin
4. Công ty CP Than Đèo Nai - Vinacomin
5. Công ty CP Than Cao Sơn - Vinacomin
6. Công ty CP Than Hà Tu - Vinacomin
7. Công ty CP Than Hà Lầm - Vinacomin
8. Công ty CP Than Mông Dương - Vinacomin
9. Công ty CP Than Vàng Danh - Vinacomin
10. Công ty CP Chế tạo máy - Vinacomin
11. Công ty CP Công nghiệp ô tô - Vinacomin
12. Công ty CP Cơ điện Uông Bí - Vinacomin
13. Công ty CP Cơ khí Mạo Khê - Vinacomin
14. Công ty CP kinh doanh Than Miền Bắc - Vinacomin
15. Công ty CP Kinh doanh Than Cẩm Phả - Vinacomin
16. Công ty CP XNK Than - Vinacomin
17. Công ty CP Vận tải và đưa đón thợ mỏ - Vinacomin
18. Công ty CP Tin học, công nghệ, môi trường - Vinacomin
19. Công ty CP Tư vấn đầu tư mỏ và công nghiệp - Vinacomin
20. Công ty CP Giám định - Vinacomin
21. Công ty CP Địa chất và Khoáng sản - Vinacomin
22. Công ty CP Cromit Cổ Định - Thanh Hoá - TKV
23. Công ty CP Đồng Tả Phời - Vinacomin
24. Công ty CP Sắt Thạch Khê - Vinacomin
25. Công ty CP Vật tư - TKV
26. Tổng công ty Khoáng sản TKV - CTCP
27. Tổng công ty CN Mỏ Việt Bắc TKV - CTCP
28. Công ty CP Địa chất mỏ - TKV
29. Tổng công ty Điện lực TKV - CTCP
30. Công ty CP Địa chất Việt Bắc - TKV
E. Các công ty con ở nước ngoài
1. Công ty TNHH Vinacomin - Lào
2. Công ty Liên doanh alumina Campuchia - Việt Nam